2006年3月16日，航海日活动组委会召开联络员会议。会上首先宣布了交通部部长李盛霖任主任的航海日活动组委会名单，并由航海日组委会办公室副主任、交通部水运司副司长张守国介绍了今年航海日活动筹备工作情况和2006年航海日活动初步拟定的活动。会上讨论了活动的主题和宣传口号等细节问题。

7月11日上午9时整，位于长江口黄浦江水域的船舶统一挂满旗并鸣号一分钟，2006年中国航海日庆祝大会在上海洋山深水港区隆重举行。中共中央政治局常委、国务院副总理黄菊发来贺信。交通部部长李盛霖发表重要讲话。大会由中国航海日活动组委会常务副主任、交通部副部长徐祖远主持。上海市市长韩正发表了热情洋溢的讲话；会上，李盛霖揭示了中国航海日永久性标志；李盛霖和韩正共同为设在上海的“中国航海博物馆”揭牌；中国航海日活动组委会，首次向在我国现代航海及海洋事业中作出突出贡献的庄茂奎等10位船长颁发了“郑和航海贡献奖”；郑和家乡云南省晋宁县的青少年向大会敬献了“郑和家乡人民热爱航海、奔向海洋”的签名旗。2007年中国航海日庆祝大会协办城市青岛市胡绍军副市长从组委会主任李盛霖手中接过中国航海日活动组委会会旗。

7月10日，以“机遇、使命与海洋观的塑造”为主题的首届中国航海日文化论坛在上海海事大学拉开帷幕。交通部副部长徐祖远出席了论坛。

（1）4月24日，由中国大洋矿产资源研究开发协会主办的“进军大洋造福人类——中国大洋资源研究开发15年成果展”在北京中华世纪坛举行。

（2）6月25日上午，中国航海科普展在中国科技馆拉开帷幕。这是中国第一次举办以航海为专题的科普展，交通部副部长徐祖远出席了开幕式。 

（3）7月10日，交通部副部长徐祖远、中国海运集团总裁李绍德为上海海事大学、上海交通大学、华东师范大学、上海大学和上海政法学院等6所高校联合发起组建的“上海郑和研究中心”揭牌，并向中国科学院院士杨槱、汪品先、中国工程院院士陈吉余以及中国历史地理研究中心主任葛剑雄教授等颁发了上海郑和研究中心的第一批顾问证书。

（4）6月至8月，交通部珠江航务管理局和广东省航海学会联合举办珠江片区2006年航海日庆祝大会暨“郑和精神”与航运（海事）发展论坛；组织人员参加瑞典“哥德堡”号仿古帆船访问广州的欢迎仪式；组织广东、广西、贵州、云南四省大、中学生代表及新闻媒体举办航海夏令营活动；组织中、小学生航海科技信息专题讲座和航海科技知识竞赛活动，宣传中国航海日和郑和精神。

（5）应中国航海日活动组委会及江苏省太仓市人民政府的邀请，“雪龙”船于7月11日参加了2006年中国航海日系列庆祝活动。

（6）4月至7月，由上海海事大学主办的上海海事大学物流研究会迎接第二届中国航海日主题活动在上海举行。

（7）7月11日，纪念中国航海日暨“中国航海家”主题网站开通仪式在大连海事大学举行。

（8）７月11日，位于岱山县城竹屿新区的中国灯塔博物馆正式开馆。

（9）7月至8月，由国家海洋局、上海市科学技术协会和中国极地研究中心共同举办的“上海市中小学生网上科学知识竞赛活动”正式开展。